一、筹建京师大学堂
筹办“京师大学堂”之议首见于1896年，1898年元月获准建立。值戊戌维新，光绪皇帝发出“除旧布新”的改革政令，其中之一是“设立医学堂，归大学堂兼辖。”1898年11月京师大学堂宣布成立，但其管辖的医学堂未正式招生。
光绪
1901年冬，光绪皇帝诏张百熙为管学大臣，并把设立长达到41年之久的同文馆归入京师大学堂。1902年春张百熙拟《钦定京师大学堂章程》，在分科课目中，医术列于第七，下分医学及药学两目。
二、京师医学专门学堂
1903年光绪皇帝命张之洞主管京师大学堂。张之洞、张百熙、容庆三人拟定《奏定京师大学堂章程》，医学门、药学门教学大纲中都有中医中药的内容，但以西医药学为主。为适合医学专门教育的需要，1903年又设医学馆，招收学生数十人，按中医学堂办理。
1906年医学馆学制由三年改为五年。1907年京师医学馆改为京师医学专门学堂，中西学科肄业，各以深造有得，切于实用为宗旨。由于当时中国无论是中医教育还是西医教育，都缺乏办学经验，学部无法具体厘定各门科目教学规程，后来将京师医学专门学堂学生全部送日本学习，朝廷官办中医教育至此暂停。
附：书院改学堂
清代书院官学化，地方官奉令办书院，所以其数目较历代都多。书院以自学为主，提倡求真，尊师爱生。书院立课程，兴考课，藏典籍，是学问学识，技艺技能交流与传播的重要场所。近代大医家陈莲舫（1840—1914）曾入龙门书院学习；京城四大名医之一的萧龙友（1870—1960）曾在成都尊经书院读书；对近代中西医学交流及中医教育作出突出贡献的一代学者丁福保（1874—1952）曾在江阴南菁书院遍读院中藏书。戊戌变法的“新政”举措之一，就要求把各省、府、州、县原官办大小书院一律改为兼习中学西学之学堂。
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