病因病机是构成完整医疗体系的基础部分，中国传统医学为什么能够跨越千年时空古为今用，是因医家对疾病有深入了解。疾病的发生、发展、预后都属于病因病机的范畴，病因病机学说是关于人体疾病产生的原因和疾病发生、及发展变化机理的学说。中医学的病因病机学说在春秋时期就初露端倪，到战国时已形成较为系统的理论。
病因学说
    据古籍记载，春秋时秦国著名医生医和提出：阴、阳、风、雨、晦、明等六种天气现象的太过均会导致人体发生疾病。“太过”就是一些气候现象“多于”正常季节的气候变化。医和的“六气”病因论开创了中医外感病因学说的先河，是后世“六淫”病因论的原型。
    《五十二病方》是七十年代出土于马王堆的汉代医书，书中有一些关于病因的记载。例如，该书认为外伤所引起的“痉”证是由于“风入伤” 、“婴儿索痉”是因“产时居湿地久”即感染湿邪所致，这两例是关于成人和婴幼儿罹患破伤风原因的记载。此外，《五十二病方》所提到的病因尚有犬或狂犬咬伤、毒蛇及其它毒虫咬伤、植物中毒、寄生虫病等。战国时期，人们对病因认识更为拓宽和加深，已从天气现象、个人生活环境、饮食劳作、生活习惯、精神情志、社会环境等多角度探索病因，由此形成了更为科学的病因学说。
    中医经典著作《黄帝内经》对病因有非常全面、深入的论述。《灵枢?顺气一日分为四时》提到：“夫百病之所生者，必起于燥湿、寒暑、风雨、阴阳、喜怒、饮食、居处。”这也许是目前有文字记载的关于天文、气候对人体影响的最早记录，大致意思是说环境中的干燥、潮湿、大寒、大暑、刮风、下雨、阴阳不调、过喜、过怒、饮食、居住环境都可以导致人体发病。也就是说，《内经》所论述的病因内容主要有天气因素（风、寒、暑、湿、燥、火）、情志因素（怒、喜、忧、思、悲、恐、惊）和饮食起居（饮食、劳逸、房事、起居等）三大方面。
病机理论
    病机理论的出现可以上溯到春秋时期。《史记?扁鹊仓公列传》所载虢中庶子及扁鹊关于虢太子之病病机的论述，涉及到正邪斗争及脏腑经络气血阴阳的失调，表明对病机的认识已上升到理论高度，病机学说已具雏型。《史记》同一篇还记载有扁鹊论齐桓侯之病每隔五日依次“在腠理”、“在血脉”、“在肠胃”、“在骨髓”，意思是说，病邪在肌肤、在血脉、在胃肠、最后深入到脏腑、骨髓。
    由于病邪愈来愈深，治疗也愈加困难，治愈的希望也越来越小，这是最早的疾病传变论述。到战国时期，形成了比较丰富而系统的关于疾病发生、病理变化及其传变过程的病机学说。这一学说在《内经》中有集中论述。
    《内经》还认识到，疾病的发生与人的体质有关，不同体质类型的人，其所易患疾病是不一样的，《灵枢?阴阳二十五人》还将人的体质按五行分为五大类二十五小类，并指出了各种类型的人所易患之病及其发病时间。比如木型之人有智谋，火型之人易发怒等等。
    在战国时也已注意到生活环境与人的体质及其疾病之间的联系。《素问?异法方宜论》对东、南、西、北、中五方的地理环境及其人们的饮食生活习性，与各方人们的体质及其易生之病之间的关系进行了具体的分析和论述。
《内经》中还重视疾病发生与四时更替、月相盈亏等天时的关系，认为人与天地相应，不仅人之生理机能随天时而变化，而且疾病的发生和变化也受其影响。最著名的是“病机十九条”。如“诸风掉眩，皆属于肝”，指出振颤动摇，头晕目眩的病证多数与肝相关；即使在今天，有些疑难病无从下手时，查找“病机十九条”，往往会找到答案。
    此外，病机学说还注意到疾病的发展与传变规律，比如，由于患者的体质不同，同时感冒风寒，体质强壮的人会以发热为主，治疗要辛凉清热解表；体内阴寒盛的人会以恶寒为主，治疗要辛温散寒解表。