清初的中外医药交流，并没有因朝代的更变而中断。明末来华的传教士继续留在中国，与清廷合作从事传教活动，所不同的是，他们较多的是研究并向欧洲介绍中医中药。传教士选择了中医的脉学、针灸学和本草学三部分内容向欧洲介绍中国的医药知识。
　　最早介绍脉学的是卜弥格的《医论》，康熙十五年（1676）米兰出版了它的意大利文译本。英国名医弗洛伊尔（J.Floyer）受卜弥格译述的中医脉学的启示，致力于脉搏研究，并把他译述中医学的拉丁文稿译成英文，连同他自己所著的《医生诊脉表》书于1707年在伦敦出版。弗洛伊尔是近代最早发明和研究用表来计数脉搏作为诊断方法的医学家，他自己认为对脉和呼吸的研究是受中医脉学的启发，从此了解中国脉学的人数日渐增多。
　　

　　大约1780年Winthrop Chandler的画：威廉医生在给一位夫人摸脉，这是当时诊断的一种方式
　　－－引自：《A PICTORIAL HISTORY OF MEDICINE》，London，1965

　　针灸学方面，马可波罗在一封信中曾谈到过中国医疗用的针。17世纪至19世纪初叶，欧洲医学家应用中国的针刺术于临床取得良好疗效，并出版介绍针灸的书约47种，法、德、英、美、俄、意大利、捷克等国都出版有针灸书籍，而以法国为最多。法国从1808年到1821年短短20年中，就出版专门论述灸术的书籍约8种，并把针灸应用到内科（包括神经系统疾患）、外科、骨科、皮肤科、眼科、以及一些其它慢性疾病的治疗上，认为确有一定疗效。
　　清代向欧洲介绍中医中药的重要人物当推杜赫德（Du Halde），他根据传教士寄回欧洲的各种材料写成了《中华帝国全志》，于雍正十三年（1735年）在巴黎出版。其中翻译了《脉诀》、《本草纲目》（节译）等书（不是全译）。书中介绍了阿胶、五倍子的用途，记述了人参、茶、海马、麝香、冬虫夏草等药。杜赫德的书，不久便被译成英文和德文，在西欧颇有影响。
　　乾隆四十四年（1779）出版的《中国事物辑录》，述及天花及《洗冤录》所载刑狱检验法。
　　据初步材料，从1700年到1840年的140年中，西方出版的关于中医药的书籍（不包括文章）共约60余种，计针灸方面47种，脉学5种，临床方面2种，药学方面1种，医学史方面2种。从数字上看，针灸是此阶段受到注意的重点。另外，临床方面的外科、产科、以及医学史也开始受到注意。
　　医学的交流总是双向的。在中医学传到了欧美地区的同时，西洋医学也传入了中国。
　　明朝末年，西方（欧洲）的医学开始传入中国，后来称之为西医，与中国传统医学，所谓中医，相提并论。
　　清初传教士的医药活动较明末频繁，主要得益于康熙帝的奖掖。1690年康熙患疟久治不愈，经服用传教士献上的金鸡纳霜而痊愈后，遂对西药产生了浓厚的兴趣，从而使西洋医学在华传播受到鼓励。在“西学东渐”中传入了一些药物及制法，如制药露法，最早是由欧洲传入的。《本草纲目拾遗》记载有欧洲带来的金鸡纳、洋虫、鼻冲水（氨水）、强水（硝酸）等。
　　西方医学传人中国后，即开始与中医学产生交往。意大利传教士利玛窦捷足先登，在传教的同时，与医界人士频繁交往，其中与王肯堂交往笃深，王氏的《疡科准绳》中记载的骨骼形态和数目，即受西医解剖学的影响。随着传教士渐次东进，西医许多书籍传入中国，如《泰西人身概说》、《主制群征》、《人体图说》等，其中“脑主记忆说”对中医影响最大。汪昂，方以智等医家皆引用之。王宏翰认为中西学理本归一致，为此他将西方“四体液学说”与阴阳学说、脏腑学说揉合，提出“术极元行说”，“命门元神说”。王学权则认为西医解剖解决“形质”问题，不能回答中医“气化”问题，所以要立足中医理论，取西医可信之说，暂搁存疑之处，对中西医汇通有着积极的意义。王清任把西医解剖学应用实践中，纠正了古书解剖学的错误，在中医汇通史上起着光前裕后的作用。
　　1805年，英国船医皮尔逊将牛痘接种术传人中国。这一事件对中医界创立中西医汇通产生很大影响。通过人痘接种术的外传到牛痘接种术的引进，这一出一进交流的结果说明医学上中西汇通的重要性。
　　

　　《利玛窦中国札记》封面
　　－－出自：利玛窦：《利玛窦中国札记》，广西，2001