卫生部根据教学、医疗、科研工作的要求和实际情况，将一版全部教材分两次会议进行修订，增加了《金匮要略讲义》，1963年完成修订出版。这次教材的修订，更广泛地反映出集体的智慧。

　　 

　　

　　

　　二版教材《伤寒论讲义》

　　二版教材的修订以临床课较多，除继续保持“既全面、又简明”的特点外，着重对总论部分进行了修订或增订，特别把各科理论的中心内容及特点提纲挈领地揭示出来，这样既能比较系统全面地反映出中医医学理论体系的丰富内容，又能各具特色，理论紧密联系实际地指导临床实践。

　　在各论方面，各科对每个疾病的重点、范围、病名和体例等都作了仔细的分析研究，且都经过多次集体讨论和反复修订，从而达到了概念清晰、指标明确、理法有据、体例统一、前后呼应。在理论紧密结合临床实践方面，各科都注意到将切实可用、行之有效的经验加入，因此二版教材各论内容也比一版更为丰富而实用。

　　二版教材中《中国医学史讲义》及《古文讲义》虽不属临床科目，同样也有较多的修改和充实。如《中国医学史讲义》补充了各个历史时期社会经济、文化发展的一般概况；关于封建时期的分段也作了调整和修改。《古文讲义》内的文选都重新选编并作了扼要的注释。

　　二版教材除了继续保持全面、简明的特点外，更加强了中医理论的系统性，临床各科教材既全面系统地反映出中医学理论体系的丰富内涵，又各具特色，理论密切联系临床实际，受到了广泛好评。