1981年11月19日中日两国政府在“中日友好医院的技术合作计划会谈纪要”上签字，技术合作计划的内容是，为由中国提供无偿援助，在中国建设的中日友好医院培养医生和护士等。
　　1984年10月23日，由中日两国政府合作建设的大型综合性现代化医院——卫生部中日友好医院开院，直属中华人民共和国卫生部领导。
　　建院以来，卫生部中日友好医院作为全国医疗行业对外交流的窗口，与日本、美国、韩国、欧洲等许多国家的大学、科研单位和医疗机构等建立了良好的合作关系。医院与日本东京大学、日本大学、日本大阪医科大学、日本国立富山药科医科大学、美国华盛顿大学、芬兰赫尔辛基理工大学等有着密切的学术交流和科研协作关系，医院聘请了国外82位医学及管理专家作为医院的名誉教授，同时医院有近20位管理专家和医学教授被聘为国外知名大学的名誉教授和客座教授，并先后成功举办了60余次国际学术会议。
　　

　　2005年日本前首相桥本龙太郎先生参加中日友好医院20周年院庆
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　　中日友好医院与日本大阪医大签署友好合作协议
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　　俄罗斯卫生部部长代表团访问中日友好医院
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