由于民国时期北京疫病流行次数较多，1915年前，“疫疠流行于繁庶之区尤甚”，内务部呈准开办传染病医院。1915年4月，传染病医院在东四十条正式成立，金绍诚为第一任总办。内置治疗、预防、检察、消毒4科，设病床10张。创办时有专职中医人员3名，兼职中医6名。1937年改名为第一传染病医院。1948年第一传染病院院址改为战地伤兵医院，传染病院移到地坛分成结核病院和传染病院两家。中医药人员在防疫机构中主要起辅助作用，杨浩如和孔伯华曾在传染病院任兼职医生。

　　内城官医院（1906年建）

　　1937年，因原传染病院仅有50张病床，不敷应用，故在前北京东大地成立第二传染病医院，能容纳四五百病人，委任卫生局第一科长李百揆兼任院长。第二传染病医院继续聘用中医药人员做传染病的防治工作。某些疾病如霍乱，中医治疗已有廊坊防疫经验；肺结核以中医为主治疗也取得较理想的效果。
　　此外，民国后期，当疫情发生时，专业的防疫人员已明显不足，政府当局常抽调各医院、诊所的中西医配合开展防疫工作，北平国医学院、华北国医学院的学生大部分也参与活动。