进入新世纪之后，中医科技体制改革稳步推进，国家对中医药科技事业的投入不断加大。尤其是近年来，强调中医药是具有自主知识产权的潜力行业，因此对中医药科技的投入达到了历史最高水平。

　　北京故宫

　　这一时期，国家对中医药科技的产出要求，从全面面向市场、主要靠经济效益调节的政策中，逐渐认识到中医药事业可持续发展的重要性，提出未来10～15年是中医学发展的重要战略机遇期，推进中医现代化成为中医事业发展的战略选择之一。其中，在中医药关键科学问题和关键技术研究领域，推进原始创新、集成创新和引进消化吸收再创新，促进中医理论自主创新，在提高中医防病治病能力方面实现跨越式发展，提高中医普及程度与国际化程度等，对中医药科技事业提出了更高的要求。
　　党的十六大和十六届五中全会强调中华文化复兴的战略意义。中医学作为中华民族优秀文化的重要组成部分，应在世界范围内得到广泛推广与普及。2006年1月9日，胡锦涛主席在全国科技大会上提出建设创新型国家的宏伟蓝图，其核心是增强自主创新能力，走中国特色的自主创新道路，推动科学技术的跨越式发展。同时，“支持中医药事业的发展，充分发挥中医药在防病治病中的重要作用”，也成为政府高度重视的大事，这些都为中医药学全面创新发展创造了有利条件。
　　同时，自然科学与人文科学的交叉、渗透，新技术、新方法的不断出现，信息科学、物理学、化学、分子生物学等现代高新技术在中医药科学研究领域得到广泛运用，对复杂科学和生命科学的研究理论与研究手段不断发展，为解决中医科学研究中的难点问题提供了某些方法学的支撑。
　　政府和社会力量对中医药科学研究提出了新的希望与要求，立足自主创新与可持续发展，对中医药科技的投入出现三个明显倾向：①面向基础平台的中医药行业基础性工作与公益性工作的支持力度强大；②面向临床、解决社会急需的医疗难题与医疗费用难题的务实研究比例加大；③面向中医原始创新与主体发展的中医基础理论研究成为国家重点科技支持项目。
　　可以相信，尽管科学前进的道路难得一帆风顺，但中医药科技发展为人类健康服务的美好前景正在爱好科学的人们面前展现。