早在鸦片战争之前，中国就有教会医院出现。如1820年英国传教士马礼逊和东印度公司的李文斯敦首先在澳门开设眼科诊所；1835年美国传教士在广州开办了广东眼科医局。鸦片战争失败后，中国沦为半封建、半殖民地国家，为了实施控制中国医疗卫生事业的计划，清朝末年，外国传教士在中国通商口岸及大都市设立医院，并招收中国学徒，以后由医院渐渐发展成医学校。据资料显示，这个时期西医学的传入北京，主要以传教士的医疗活动为主。1862年伦敦教会在北京建立“双旗杆医院”，1906年由该院与其他几个医院合并为现今的协和医院，成为北京最大的教会医院。此外，1903年成立北京协和医学校，1906年批准立案，1908年开学，是当时第一个得到清政府承认的最大的教会医学院，1915年洛克非勒基金会接收后改为协和医科大学。不仅教会设立医学校，各国政府或私人也在中国设立医学校。如1907年德国人宝隆在上海设同济医院，1911年日本人在奉天设立南满医学堂等。总之，在清朝末年，随着帝国主义的入侵和不平等条约的缔结，外国人在中国设立的教会医学校，几乎每省都有。外国教会除了在北京开办医学院校外，还吸引留学生到海外学习西医学知识。
　　与此同时，中医学在西学冲击下日趋动摇。在中西医抗争的斗争中，北京中医自强不息，努力提高临床诊疗水平和理论水平，解决了不少医学难题。充分显示出中国传统医学的内涵与生命力。清末民国时期一些有识之士，纷纷走出国门，学习其他国家的先进文化，在医学界形成了留学热潮（如孙中山、郭沫若、鲁迅）。根据资料显示，从1896年至1937年止，中国人留学日本者不下5万人，这其中有不少是学习医学的。接受了系统的医学教育和专业技术训练的归国学者，在中外医学交流事业上做了大量的工作。总的来说，清末民国时期，北京地区的中医药对外交流与合作尚处于萌芽阶段。该时期的交流主要表现在3个方面：即中药麻黄素的出口、中医典籍的回归以及针灸术的外传。