药店开设于明代，据出版于清乾隆十年（1744年）的老店经营目录记述，当时经营成药15个门类、624种，并有饮片加工、炮制及批发业务。光绪七年，千芝堂由吴受臣私人经理。吴曾供职太医院，所以一部分产品销往御药房，一部分销往市内大小药房。清末民国以来，千芝堂经营范围除门市外还设有后柜批发和蒙藏药品专柜，并培养蒙藏语人员以便接待顾客。